Berdasarkan Pertemuan Kepala Dinas dan Walikota Kota Kotamobagu, Rapat MKKS Dinas Kotamobagu tanggal 04 Februari 2021 serta ditindak lanjuti dalam Rapat Koordinasi Kepala Sekolah bersama Guru SMP Katolik Theodorus Kotamobagu  tentang proses belajar mengajar tahun pelajaran 2020-2021 dalam masa darurat penyebaran Corona Virus Diseas (COVID19) di Era New Normal, maka SMP Katolik Theodorus Kotamobagu menyusun Standar Operasional Prosedur (SOP) yang berdasarkan ketentuan Protokoler Kesehatan untuk diperhatikan, dimengerti, dan ditaati oleh semua warga sekolah (Peserta Didik, Wali Murid, Guru, Pegawai TU, dan Kepala Sekolah).

Protokoler Kesehatan Secara Umum Sebagai Berikut:

1. Semua warga sekolah wajib menggunakan masker dan face shield tidak terkecuali.
2. Sesering mungkin cuci tangan menggunakan sabun dengan air mengalir.
3. Membawa/menggunakan Handsanitizer.
4. Jaga jarak minimal 1 Meter.

SOP Siswa dalam mengikuti Pembelajaran di sekolah sebagai berikut:

1. Siswa mengukur suhu badan dari bagian depan sekolah oleh Satpam Sekolah
2. Siswa memberi salam ke guru piket dengan tidak bersentuhan dan diperiksa kelengkapan protokoler kesehatan umum, kemudian diarahkan langsung mencuci tangan dengan sabun
3. Setelah siswa selesai mencuci tangan, siswa diarahkan menuju kelas masing-masing dan duduk dengan menjaga jarak sesuai kursi dan meja yang sudah diatur berdasarkan sihft, dengan warna dan nama siswa yang tertera .
4. Siswa tidak diperkenankan untuk lalu-lalang di dalam kelas, apalagi berjalan ke meja teman yang lain di dalam kelas.
5. Siswa tidak diperkenankan untuk melepaskan masker/face shield saat atau sedang melaksanakan KBM.
6. Siswa tidak diperkenankan meminjam dan atau memakai peralatan alat tulis dari teman yang lain.
7. Siswa membawa minuman/air mineral dari rumah.
8. siswa membuka masker hanya saat minum.
9. Siswa tidak diperkenankan untuk keluar dari kelas
10. Pengecualian bagi siswa yang ingin ke toilet/buang air: 

1. Bagi yang ingin ke toilet, harus bergantian selang 15 menit – 20 menit setelah siswa yang lain  selesai. 
2. Bagi yang ingin ke toilet wajib memakai masker dan membawa handsenitizer.
3. Siswa yang kembali dari toilet wajib mencuci tangan di depan kelas dengan sabun, sebelum masuk kembali ke dalam kelas.

11. Setelah selesai KBM, siswa pulang sekolah diatur oleh guru yang ada pada jam terakhir, diberi jarak untuk keluar kelas, untuk menjaga jarak agar siswa tidak bergerombolan dan bersentuhan.

12. Siswa yang telah keluar dari kelas untuk kembali ke rumah, diarahkan oleh guru piket langsung pulang ke rumah masing-masing.