SMA Katolik Theodorus Kotamobagu berdiri pada tanggal 15 Juli 1991. Pada awalnya SMA Katolik Theodorus Kotamobagu yang berlokasi di Kelurahan Kotamobagu, Kecamatan Kotamobagu di kompleks Gereja Katolik Kristus Raja Kotamobagu, berada di bawah naungan Yayasan Pendidikan Katolik Keuskupan Manado (YPKKM). Kegiatan belajar mengajar meminjam dua ruangan kelas SD Katolik Melania Kotamobagu (sekarang SD Katolik Cristi Regis Kotamobagu) dan satu ruangan kelas di SMP Katolik Theodorus Kotamobagu. Kepala Sekolah pertama yaitu Bpk. Drs. Albert Tangkere (1991-1992). Selanjutnya SMA Katolik Theodorus Kotamobagu dipegang oleh Pastor Paroki Kristus Raja Kotamobagu yang pada saat itu dijabat oleh Pastor Frans Mangundap, Pr (1992-1998).
Tahun 1994 kebutuhan untuk membangun gedung sekolah sendiri untuk SMP dan SMA, sudah sangat mendesak, maka lewat kebijakan pastor paroki, tokoh- tokoh umat dan swadaya umat katolik Paroki Kristus Raja Kotamobagu maka diusahakan untuk membeli lahan yang berlokasi di Jln. Diponegoro, Kelurahan Biga, yang saat ini telah berdiri SMP dan SMA Katolik Theodorus Kotamobagu. Pembangunan gedung sekolah dimulai pada tahun 1995. Pada tahun 1996 SMA Katolik Theodorus Kotamobagu pindah dari lokasi SD Christi Regis dekat gereja pusat paroki Kristus Raja Kotamobagu ke lokasi saat ini, Jln. Diponegoro, Kelurahan Biga, Kotamobagu Utara, Kota Kotamobagu.
SMA Katolik Theodorus beralamat di Jl. Diponegoro, Kelurahan Biga, Kecamatan Kotamobagu Utara, Kota Kotamobagu, Sulawesi Utara. Memiliki lingkungan yang asri dan strategis. Letak sekolah di tengah kota, kurang lebih dua kilo meter dari jantung kota, tempat perbelanjaan. Karena cukup jauh dari pertokoan dan pasar maka sangat mendukung untuk kegiatan pembelajaran. Dukungan sarana prasarana sangat lengkap sehingga proses pembelajaran dapat berlangsung dengan baik baik di dalam kelas maupun di luar kelas. Dengan demikian seluruh warga sekolah tinggal memanfaatkan serta merawat sarana yang tersedia dengan baik agar berdaya guna.
Kepala Satuan Pendidikan SMA Katolik Theodorus sejak 15 Juli 1991 silih berganti sebagai berikut:
- Drs. Albert Tangkere, tahun 1991-1992.
- Pastor Frans Mangundap, Pr, tahun 1992-1998
- Sr. Rosa Kusmiyati, OSU, tahun 1998-1999
- Sr. Josepha Rumawas, OSU, tahun1999-2000
- Sr. Ferdinanda Ngao, OSU, tahun 2000-2006
- Sr. Dionesia Kartika, OSU, tahun 2006-2010
- Sr. Lidwina Suhartatik, OSU, tahun 2010-2012
- Sr. Kristofora Bhoko, OSU, tahun 2012-2016,
- Ibu Yulia Sarionsong, S. Si, tahun 2016-2018
- Sr. Antoinette Mude, OSU, tahun 2018-2021
- Sr. Elisabeth Sri Utami, OSU, M. Pd. Juli 2021- sekarang (2023/2024)
Dengan masuknya para suster Ursulin pada tanggal 12 Juni 1998 di Kotamobagu merupakan bagian yang tak terpisahkan dengan sejarah perkembangan dunia pendidikan di bumi Totabuan (sebutan untuk Bolaang Mongondow), khususnya SMA Katolik Theodorus. Meskipun para Suster Ursulin berkarya sejak tahun 1998 di Kotamobagu, namun SMP dan SMA masih di bawah naungan Yayasan Pendidikan Katolik Keuskupan Manado. Baru pada tanggal 16 Januari 2001 SMP dan SMA Katolik Theodorus secara resmi dikelola oleh suster-suster Ursulin. Sejak itu semua aset persekolahan yang ada menjadi milik Perhimpunan Biarawati Ursulin Indonesia. Selanjutnya SMP-SMA Katolik Theodorus Kotamobagu dikelolah oleh para suster Ursulin di bawah naungan Yayasan Satya Bhakti yang berpusat di Jl. Pos No.2 Jakarta Pusat hingga saat ini.
SMP dan SMA Katolik Theodorus Kotamobagu merupakan satu-satunya sekolah katolik di Kota Kotamobagu, dengan berkat bantuan Yayasan Satya Bhakti Jakarta Pusat dan keuletan pengurus Yayasan Satya Bhakti Perwakilan Kotamobagu berserta para pendidik, tenaga kependidikan, penunjang maka sekolah katolik Theodorus Kotamobagu eksis sampai sekarang. Hal ini terbukti dengan berbagai prestasi yang telah diraih baik dalam bidang akademik maupun non akademik.
